Pour cela, il demanda à son évêque la permission d'abandonner, pour un temps, ses charges paroissiales en vue de récapituler son parcours de vie dans la méditation et la prière et de réintégrer le circuit académique pour compléter son doctorat. La requête lui fut accordée. Le 20 août 2001, en guise de récollection personnelle, il accompagna de Rome des handicapés italiens en pèlerinage à Notre-Dame de Lourdes (France). Là, et pendant qu'il assistait un handicapé physique, il sentit un mal de dos aigu qu'il attribua tout d'abord à un faux mouvement. Le 8 septembre 2001, il repartit, toujours de Rome, en pèlerinage à Notre-Dame de Medjugorje (Bosnie). Le " mal de dos " persistait, mais cela ne l'empêcha pas de continuer intensément ses méditations et ses prières et de préparer ses conférences en vue d'animer les journées de récollection des curés du diocèse maronite de Byblos du 17 au 19 septembre 2001, le lendemain de son retour au Liban. Comme ses maux de dos continuaient à empirer, il se fia finalement aux conseils de ses amis et consentit à subir un examen médical, qui décela une métastase.

Père Simon fut admis à l'Hôpital Saint-Louis de Jounieh à partir du 10 octobre 2001. Pour lui commence alors une quatrième étape de vie, une étape si riche en maturité spirituelle, si intense en conversion personnelle, qu'il veut la vivre au plus profond de son être et qu'il a à cœur de témoigner haut et fort aux siens, à ses paroissiens, à sa famille scoute et à son entourage. Il demande systématiquement à ses paroissiens et amis, prêtres et laïcs, scouts et guides, jeunes et aînés, frappés par la nouvelle et accourus proposer leur assistance, de vivre avec lui cet événement comme un " signe " de la proximité divine, comme un " appel " à la conversion des âmes et des consciences, et d'oublier ce qu'il appelle lapidairement l' " accident " proprement dit de sa maladie. A son intention, des chaînes de prière se sont formées. Elles regroupent des fidèles de tous pays qui se relaient dans la prière jour et nuit. Régulièrement, des messes sont dites un peu partout pour implorer sa guérison. Des cercles de prière et de réflexion se sont constitués. A l'instigation de Père Simon, qui les accompagne de son lit d'hôpital, elles affichent une volonté expresse d'imprimer à la vie de leurs membres un " saut de qualité " spirituel en vue d'atteindre à une fidélité évangélique autrement plus engageante. La famille scoute des Apôtres s'est donné une prière propre pour implorer la guérison de Père Simon, son grand frère, son chef et son aumônier, par l'entremise de Père Chalhoub, fondateur de la famille scoute et modèle de vie sainte profondément vénéré par le Père Simon. D'autres groupes et paroisses entament des pélerinages de conversion à son intention. On dirait que les gens veulent soudain brûler les étapes sur la route conduisant aux Béatitudes